با توجه  به نقش برجسته تولیدات گیاهی  استان کرمان و رتبه اول آن در صادرات غیرنفتی ایران ، به ویژه رتبه برتر تولید در چندین محصول گیاهی از جمله خرما، پسته، گردو، مرکبات، صیفی جات و جالیز، غلات، گیاهان علوفه ای، صنعتی و دارویی، در سال 1369 انستیتو تحقیقاتی خرما در دانشگاه شهید باهنر کرمان شکل گرفت و ایستگاه تحقیقاتی خرما در بم استقرار یافت. سپس در سال 1373 با موافقت اصولی شورای گسترش آموزش عالی، پژوهشکده باغبانی با سه گروه گیاهان دارویی، خرما و مرکبات ایجاد گردید و در ادامه در سال 1383 موافقت قطعی پژوهشکده دریافت شد.

با توجه به اهمیت این پژوهشکده در جنوب شرق ایران و ماموریت این پژوهشکده در خصوص تولید گیاهان مقاوم به کم آبی در جنوب شرق ایران، در سال 1388 طی مصوبه هیات دولت، تبدیل این پژوهشکده از نوع دو به نوع یک موافقت بعمل آمد و با پیگیری انجام شده در سال 1392 این امر تحقق یافت. سپس در سال 1395 به جهت لزوم انجام تحقیقات در زمینه های مختلف تولیدات گیاهی، عنوان پژوهشکده از باغبانی به پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی با چهار گروه: به نژادی، تکثیر و زیست فناوری گیاهی فیزیولوژی، تنش های گیاهی گیاهان دارویی و فرآوری گیاهی تغییر نام یافت و هم اکنون به عنوان پژوهشکده عرضه محور در حوزه تولیدات گیاهی و در راستای همکاری های ملی و بین المللی یکی از موفق ترین پژوهشکده های کشاورزی در کشور می باشد.